期刊文獻
主要研究土壤微生物多樣性與環境變化的關系、微生物在土壤礦質元素循環及污染物遷移轉化中的作用、微生物種質資源的開發與利用；土壤中有機質的組成、性質、分解轉化及與土壤發生和土壤肥力的關系；土壤生態系統演變過程與穩定性機制及其調控原理與技術。
部門負責人、學術帶頭人與青年骨干：
主 任：褚海燕研究員：土壤微生物生態學
副主任：王 輝研究員：退化土壤生態學
董元華研究員：土壤生態系統過程與調控
賈仲君研究員：土壤微生物生態與進化
王一明正高級工程師：固體有機廢棄物資源化與微生物開發
劉 云研究員：土壤環境功能材料與污染修復
吳宇澄副研究員：有機污染物微生物降解與碳氮轉化調控
胡君利副研究員：土壤微生物功能與調控、菌根生物學
李建剛副研究員：土傳病害營養生態調控與土壤健康恢復
吳 萌副研究員：土壤腐殖酸的化學結構與生態功能
蔡元鋒副研究員：甲烷氧化的生理生態過程及其微生物機制
楊騰副研究員：真菌多樣性及其生物地理分布
曾軍副研究員：多環芳烴微生物轉化與污染土壤修復
高貴鋒副研究員：土壤微生物生物地理與群系演變
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